Instruments de mesureComptage des levures avec ... une webcam.

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Comptage des levures avec ... une webcam.

Message par Hush »

Bonsoir,
Il est possible de bricoler une webcam pour en faire un agrandisseur (je préfère ne pas utiliser le mot microscope).
https://hackteria.org/wiki/DIY_microscopy
Le grossissement et la résolution seraient-ils suffisants pour compter nos levures ?
Matériel :
Une vieille webcam
Deux chutes d'aggloméré ou de contre-plaqué
Trois bouts de tige filetée de 6mm.
Trois ressorts.
Un poignée de rondelles et écrous à oreilles.
Sur la webcam, l'objectif est démonté puis retourné avant d'être remis en place (il faut un peu bricoler selon le type de webcam), pour le reste les photos devraient vous renseigner. L'éclairage se fait par dessus avec une lampe led.


Image



Image
On prépare une suspension de levure que l'on dépose sur l'hémacymètre :



Image



Image
La qualité des images n'est pas bonne (spot lumineux au centre et résolution pas terrible) mais je pense que l'on peut compter. Le résultat n'aura pas la fiabilité d'un comptage au microscope ... Mais le prix n'est pas le même non plus :whistle: et ce sera toujours plus précis qu'une estimation à l’œil .
Il n'y a pas de table XY, on déplace à la main en faisant glisser la lame çà ne pose pas de problème.
La focalisation avec les écrous à oreilles se fait bien. Il reste à améliorer l'éclairage pour éviter la partie en surbrillance et peut être espérer récupérer un peu de résolution.
Hush
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Re: Comptage des levures avec ... une webcam.

Message par Jinac »

:clap: :clap: :clap:

Un projet bricolage de plus qui s'ajoute à une liste déja toufue...

merci ++ du partage !
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Re: Comptage des levures avec ... une webcam.

Message par Cede »

Je trouve que le résultat est déjà pas mal.
Les problèmes de spot, tu pourrais essayer avec une feuille calque pour atténuer, ou alors essayer de trouver un anneau à leds.

Pour le comptage, il existe des solutions opensource, mais je n'ai pas encore essayé.
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Re: Comptage des levures avec ... une webcam.

Message par Huj »

Sympa!
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Re: Comptage des levures avec ... une webcam.

Message par Penn-Maen »

Super !

pour info, l'article wiki en français (trouvé en suivant le lien de Hush)

source d'éclairage : pourquoi pas tout simplement un éclairage IR ? Les capteurs de webcam et APN y sont sensibles (ça permet de vérifier par exemple si une télécommande fonctionne.) Par sur que ça traverse le matériel de la cellule de comptage.

(edit : lien corrigé, merci Aza-)
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Re: Comptage des levures avec ... une webcam.

Message par juju31 »

Je suis un noob en levure, mais je trouve ca vraiment super ce resultat.
Qu'est ce qui te gene là ? tu ne peux pas compter ?
RAS
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Re: Comptage des levures avec ... une webcam.

Message par Aza- »

Penn-Maen a écrit :Super !

pour info, l'article wiki en français : https://hackteria.org/wiki/DIY_Microsco ... n_(French) (trouvé en suivant le lien de Hush)

source d'éclairage : pourquoi pas tout simplement un éclairage IR ? Les capteurs de webcam et APN y sont sensibles (ça permet de vérifier par exemple si une télécommande fonctionne.) Par sur que ça traverse le matériel de la cellule de comptage.
Ton lien marche pas (vive les parenthèses). Voici le bon.
Hush
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Re: Comptage des levures avec ... une webcam.

Message par Hush »

Bonjour,
Merci à tous pour vos commentaires :oops:
juju31 a écrit :tu ne peux pas compter ?
On peut compter ... mais il reste des incertitudes, les taches mal définies comme des ombres par exemple. Ce sont des levures qui se trouvent hors champ ou des artefacts ? Ca compte ou pas ?
Concernant l'éclairage, sur un microscope on a une source lumineuse, un condenseur et un diaphragme. Le but étant de garder la simplicité, il doit être possible de faire quelque chose d'approchant avec une lampe de poche à led, éventuellement une lentille et un diaphragme . Le tout c'est de bien positionner tout ce petit monde. Comme on garde un agrandissement constant on pourrait ultérieurement remplacer le diaphragme fragile par une simple plaque opaque avec un trou calibré.
@PM : Éclairage IR .... Heu, mais on ne risque pas de transformer la cellule de comptage en " billig" ? :lol:
@Cede : Sur mon vieux microscope le coup du papier calque marche bien mais pas sur le cam-croscope. Je me retrouve avec trop peu de lumière et si j'augmente l'intensité le point brillant réapparaît. Mon système d'éclairage est trop rudimentaire.
Pour le logiciel de comptage, j'utilise image J en mode manuel. Un clic souris sur la cellule la marque et incrémente un compteur. J'ai essayé en mode automatique mais la définition n'est pas suffisante ou je n'ai pas paramétré correctement le logiciel pour obtenir quelque chose de fiable.
@Jinac : Dépêche toi réaliser le cam-croscope car le projet suivant est déjà dans les tuyaux : un turbidimètre pour mesurer directement la concentration sans passer par le comptage. Il faudra évidement étalonner le turbidimètre au préalable et pour ce faire tu auras le cam-croscope :lol:
https://hackteria.org/wiki/DIY_turbidity_meters
https://publiclab.org/wiki/turbidity_sensing
Hush
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Re: Comptage des levures avec ... une webcam.

Message par Bobomousse »

J'éspère que vous pardonnerez ma question de néophyte, mais à quoi ça sert de compter le nombre de levures, et dans quel cas ça peut vous être utile? Comment différencier les cellules viables de celles qui ne le sont pas?
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Re: Comptage des levures avec ... une webcam.

Message par Aza- »

Ça sert à calculer finement un ensemencement pour être sûr de ne pas sur ou sous ensemencer.
Pour la viabilité, il faut faire une coloration au bleu de methylène.
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